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Fundamento: El estudio morfométrico de la mucosa del intestino delgado en los niños con síndrome de malabsorción resulta una herramienta útil para la mejor caracterización del daño mucoso de este órgano. Objetivo: Determinar valores morfológicos microscópicos de la mucosa del intestino delgado en 13 niños con diagnóstico de síndrome de malabsorción. Metodología: Se realizó un estudio descriptivo en 13 biopsias obtenidas en el departamento de anatomía patológica del Hospital Universitario” José Luis Miranda” de Villa Clara, entre enero de 1999 y septiembre de 2007. Se asumieron como variables altura y diámetro de las vellosidades intestinales, profundidad de las criptas de Lieberkühn, y celularidad total de la lámina propia, utilizando mediciones lineales directas. Resultados: Los datos derivados del estudio demostraron con resultados estadísticamente significativos que el valor promedio de la altura de la vellosidad fue de 0,241333 milímetros (mm), el del diámetro de la vellosidad fue de 0,182154 mm, el de la profundidad de la cripta fue de 0,161487 mm y el de la celularidad de la lámina propia fue de 125,00 células por campo. Conclusiones: Con relación a los hallazgos en la mucosa normal, las vellosidades intestinales tenían valores medios de altura menor, mientras que el diámetro de estas fue mayor, las criptas de Lieberkühn presentaron valores medios de profundidad dentro de los límites normales y la celularidad total de la lámina propia presentó valores medios altos.